ومع إعلان قيام دولة الإمارات العربية المتحدة انتخب المغفور له بإذن الله
تعالى الشيخ زايد بن سلطان آل نهيان رئيسا للدولة وكان الشيخ راشد بن
سعيد آل مكتوم نائبا للرئيس في حين تولى الشيخ مكتوم منصب أول رئيس
لمجلس الوزراء في الدولة.
وعن ترسيخ فكر الاتحاد قال صاحب السمو الشيخ مكتوم بن راشد آل مكتوم
" إن تلك المسؤوليات النابعة من الإيمان بترسيخ فكرة الاتحاد وكيان الدولة
الاتحادية أطلقت المسيرة العلمية لتلك المؤسسات الاتحادية لتجعل من واقع
الاتحاد خدمات متنامية نابعة من حاجة المجتمع لها وساعية لتلبيتها بالتمام
والكمال " .
عمل الشيخ مكتوم على تنمية دبي وأعار تطوير القوانين وإرساء الأنظمة
والمؤسسات التعليمية والصحية والخدمية أهمية بالغة وكانت أعماله الخيرية
محط اهتمام الجميع، فقد اهتم بتمويل عدد من المشاريع الإنسانية ودور الأيتام
ومراكز رعاية أصحاب الاحتياجات الخاصة وغيرها من المشاريع النفعية.
بعد وفاة الشيخ راشد بن سعيد آل مكتوم تولى الشيخ مكتوم منصب نائب رئيس
الدولة وحاكم دبي ورئاسة مجلس الوزراء فأسهم في إطلاق عدد من المشاريع
العملاقة في الدولة ومن أهمها مشاريع لبناء آلاف المساكن الجديدة في رأس
الخيمة وعجمان وأم القيوين والفجيرة والشارقة لذوي الدخل المحدود.
كما تولى مع إخوانه محمد وحمدان مهمة تحويل دبي إلى واحدة من أبرز المدن
في العالم.